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耗資4000萬美元造出新細菌!科學狂人又想創(chuàng)造新生命

來源:科普中國   編輯:非小米 時間:2024-06-17 16:55人閱讀

諾貝爾獎獲得者、著名物理學家理查德·費曼曾經說過這么一句話,“What I cannot create, I do not understand”,意思就是,我不能創(chuàng)造的東西,我就無法理解。這個觀點同樣適用于對生命的理解。

只有當我們能夠去創(chuàng)造生命的時候,才可能真正理解生命的本質,這也是生命科學領域研究一直想要做到的事。

那么,我們該如何去創(chuàng)造生命?生命科學領域中的一個基本規(guī)則是“中心法則”,即遺傳信息可以從 DNA 復制自身,同時也可以傳遞給 RNA,并由RNA傳遞給蛋白質,完成遺傳信息的轉錄和翻譯過程,這個過程就是創(chuàng)造生命的過程。

因此從理論上說,只要我們能夠創(chuàng)造出 DNA,就有可能實現(xiàn)人工創(chuàng)造生命,進而深入理解生命的本質。

人類的“人造生命”發(fā)展史

人造生命是指從其他生命體中提取基因,建立新的人工染色體,隨后將其轉入已被剔除了遺傳物質的細胞中,最終由這些人工染色體控制這個細胞,發(fā)育變成新的生命體。

人造生命的發(fā)展歷程雖然較短,卻充滿著創(chuàng)新和突破。1953 年,沃森和克里克提出了著名的 DNA 雙螺旋結構模型,從此開啟了分子生物學時代。到了 20 世紀 70 年代,赫伯特·博耶和斯坦利·科恩分別實現(xiàn)了限制性內切酶對雙鏈 DNA 的剪切,以及質粒 DNA 到大腸桿菌的轉入,這兩項創(chuàng)新成果標志著基因工程的誕生。隨后,桑格發(fā)明的 DNA 測序技術實現(xiàn)了 DNA 序列的精確“閱讀”。接著,保羅·伯格和沃爾特·吉爾伯特通過開發(fā)分子克隆技術,進一步促進了重組 DNA 技術的發(fā)展。

這些突破性的技術都為人造生命的研究奠定了重要基礎。

其中,2010 年 5 月由美國生物學家克雷格·文特爾團隊取得的成就標志著人造生命領域的一次重大突破。他們在實驗室中通過化學合成了一整個基因組,隨后將這個合成基因組植入到一個空細胞中。這個細胞隨后根據植入的基因指令開始自我復制和增殖,最終形成新的細胞。

盡管有些科學家持有保留意見,認為文特爾的成果只是以一個自然的、先前存在的殘留細胞為基礎的,并沒有創(chuàng)造出真正的生命,但他的實驗仍然證明了人造基因組可以為細胞提供動力,這為未來真正的人造生命提供了重要的啟示。

人造生命的科學狂人:克雷格·文特

提到人造生命,就不得不提這一領域的泰斗、科學狂人——克雷格·文特。他是美國著名的生物學家和企業(yè)家,以在科學界的重大成就而聞名。他的成就包括“一人單挑六國科學家,完成人類基因組計劃”和“制造新生物”,這兩項工作都是震撼全世界科學界的突破。

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“科學狂人”克雷格·文特(圖片來源:克雷格·文特研究所官網主頁)

20 世紀 90 年代,由美國、英國、法國、德國、日本和中國等 6 個國家的頂級科學家共同參與人類基因組計劃,預計花費 30 億美元來完成人類基因組測序。然而,當時間和花費過半時,他們卻僅完成了 3% 的測序工作。

與此同時,克雷格·文特成立了塞萊拉基因公司,一個私營性質的基因研究機構,開發(fā)了如“霰彈槍”的新型測序技術,并迅速追上了多國合作小組的進度。后來,克雷格·文特與六國科學家合作,于 2001 年初成功完成了人類基因組草圖。

在人類基因組計劃完成后,克雷格·文特很快就有了新的理想,這個理想可能是生命科學的終極目標:創(chuàng)造新的生命形式。克雷格·文特計劃利用 DNA 小片段,合成新的基因組,并將其轉入已經被剔除了本身基因組的細菌之中,觀察這微小的細菌能否進行新陳代謝和繁殖。

經過研究團隊十幾年不懈的努力,耗資超過 4000 萬美元,克雷格·文特研究團隊終于在 2010 年創(chuàng)造出全新的細菌。克雷格·文特認為,“這是地球上第一個,父母是電腦卻可以進行自我復制的物種。”

目前,克雷格·文特又展開了一系列新的研究,他把自己的游艇改裝成研究船,帶領團隊成員遠征百慕大群島附近的馬尾藻海,希望就地取材,繪制出該海域生態(tài)系統(tǒng)中所有微生物的基因組圖譜。克雷格·文特的終極目標是利用海洋中尋找到的基因,設計出全新的生命形式。這些生命將具備捕獲二氧化碳、遏制溫室效應的能力,還能清理核廢料,并產生大量氫原子。這項全新生命形式的發(fā)展將有望改變全球能源經濟的現(xiàn)狀。

克雷格·文特的研究旅程從人類基因組測序,到人工合成細菌,再到從海洋中尋找有益基因以設計全新生命,始終貫穿一個主線:從基因到生命。無論是認識基因、合成基因,或是尋找新基因,克雷格·文特所有研究都是為創(chuàng)造生命繪制藍圖,最終實現(xiàn)人造生命的使命,回答了“科學真的可以創(chuàng)造生命”這一重要命題。

酵母人工染色體合成的突破之路

細菌和酵母分別是原核和真核生物的典型代表,能夠合成這兩者的基因組,就能為合成生命奠定重要的理論基礎,豐富人造生命的知識儲備。作為原核生物的細菌,科學家合成其基因組并創(chuàng)造全新的生命尚且花費了十幾年的時間。那么作為真核生物的酵母,其基因組有 16 條染色體,合成的復雜性和難度可想而知。

為此,國際上發(fā)起了酵母基因組合成計劃(Sc2.0),這是人類首次嘗試對真核生物的基因組進行從頭設計合成,旨在重新設計并合成釀酒酵母全部 16 條染色體。該項目于 2011 年啟動,由來自中國、美國、英國、新加坡、澳大利亞等國的超過 200 位科學家共同參與。

研究人員在從頭合成酵母基因組序列的過程中面臨了諸多挑戰(zhàn)。由于酵母基因組中存在大量重復序列,他們去除了轉座子和重復元件,并重新編碼終止密碼子。同時,研究人員對基因序列進行了堿基刪除、插入和替換的工作,確保合成菌株與天然菌株的表型相同的同時,也保證了基因組的穩(wěn)定性。

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2017 年《Science》封面展示的酵母基因組結構模型,其中金色代表已經完成全合成的染色體;白色代表天然染色體 (圖片來源:《Science》官網)

根據以上原則和標準,2014 年,紐約大學的 Jef Boeke 教授領銜的研究團隊成功創(chuàng)建出了第一條人工酵母染色體——最小的 3 號染色體。這一成果開啟了真核生物基因組合成的先河。

到 2017 年,Sc2.0 團隊完成了人工合成酵母基因組 16 條染色體中的 5 條,其中 4 條由中國科學家完成。具體來說,天津大學元英進院士團隊負責了 5 號和 10 號染色體的合成;清華大學戴俊彪研究員團隊負責 12 號染色體的設計合成;華大基因楊煥明院士團隊負責酵母 2 號染色體的從頭設計與全合成。

到了 2023 年,Sc2.0 計劃迎來新的里程碑式突破,華大基因沈玥研究員團隊完成酵母 7 號和 13 號染色體的從頭設計與全合成,以及 tRNA 新染色體的構建。這標志著酵母的全部 16 條染色體的合成工作已圓滿完成。此外,該團隊還成功構建了一種包含 50%合成 DNA 的酵母菌株,這種酵母菌株不僅能夠活躍增殖,還展現(xiàn)了正常的細胞形態(tài)、長度和形狀。

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2023 年《Cell》發(fā)表文章描述了酵母染色體的整合過程:將含有不同合成染色體的酵母細胞進行雜交,在后代中尋找攜帶兩條合成染色體的個體,經過漫長的雜交過程,科學家們逐漸將他們先前合成的所有染色體(6 條完整染色體和 1 條染色體臂)整合到同一個細胞中(圖片來源:參考文獻[5])

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參與酵母基因組合成計劃的中國科學家代表,從左到右依次為:李炳志、戴俊彪、楊煥明、元英進、沈玥(圖片來源:人民日報)

人造細胞再升級:逼近真實活細胞

人工合成細菌和酵母主要解決基因組合成的問題,然而活細胞執(zhí)行功能主要還是依靠蛋白質。2024 年 4 月 23 日,美國科學家在《自然·化學》(Nature Chemistry)雜志上發(fā)表了一項最新研究成果,他們通過操縱 DNA 和蛋白質,創(chuàng)造出類似人體細胞的人造細胞,這一成果對再生醫(yī)學、藥物輸送和診斷工具等領域具有重要意義。

細胞支架是細胞內部的重要支架結構,由一系列動態(tài)聚合物組成,在細胞分裂、運動和形態(tài)形成等關鍵過程中發(fā)揮著重要作用,沒有細胞支架,細胞的結構和功能都會受影響。天然細胞的細胞支架結構復雜,具有可重構性,能夠在不同位置組裝并動態(tài)調節(jié)自身的結構和力學性能。肽是一種很有前景的人工細胞骨架構建材料。當前,科研工作者廣泛研究了通過合理設計肽,使其自組裝成各種結構。然而,能夠在細胞模擬限制環(huán)境下實現(xiàn)基于肽的系統(tǒng)還十分有限。

細胞和組織的主要成分是蛋白質,這些蛋白質對細胞支架的形成起著不可或缺的作用。通常來說,DNA 不會出現(xiàn)在細胞支架內,但這項研究中的研究人員對 DNA 序列進行重編程,使其成為一種“建筑材料”,與蛋白質元件——肽結合在一起,形成能夠改變形狀并對周圍環(huán)境作出反應的新型細胞支架,這對人造細胞來說,是一個新的思路。

實際上,對 DNA 進行重編程并非首次出現(xiàn)。在 2023 年發(fā)表于《自然·通訊》的一項研究中,研究人員證明了五個寡核苷酸(DNA)可以退火成納米管或纖維,其可調整的厚度和長度跨越四個數量級。這些結構被整合到細胞樣囊泡內,并被包裹在囊泡的外部——作為細胞支架發(fā)揮作用。DNA 重編程策略可以用于合成細胞和組織的自下而上設計,以及醫(yī)學智能材料設備的生成。

對 DNA 重新編程意味著科學家可創(chuàng)造具有特定功能的新細胞,甚至可以微調細胞對外部壓力的反應。雖然活細胞比合成細胞更復雜,但它們也更容易受到如高溫等惡劣環(huán)境的影響,而合成細胞即使在 50℃ 下都很穩(wěn)定,這就為在不適合人類生活的環(huán)境中制造細胞開辟了可能性。

合成細胞可以裝載幾乎任何藥物分子,通過添加微小的磁性顆粒并使用體外的磁鐵進行精確引導,做到以高劑量靶向小區(qū)域而不影響身體的其他部位,例如在癌癥治療中,用合成細胞裝載抗癌藥物,可以提高藥物有效性,并顯著減少對其他部位細胞的潛在傷害。

研究團隊表示,這項研究有助于人類理解生命。合成細胞技術不僅讓科學家能夠“復制”大自然的功能,還有望給生物技術和再生醫(yī)學等領域帶來重大變革。

耗資4000萬美元造出新細菌!科學狂人又想創(chuàng)造新生命
利用肽-DNA 納米技術構建合成的細胞支架 (圖片來源:參考文獻[6])

結語

人造生命的研究是人類理解生命的重要途徑,目前,科學家已經實現(xiàn)了人工合成細菌、半合成酵母以及更像活細胞功能的人工細胞。這不僅推動了生命科學領域的發(fā)展,更在不斷創(chuàng)造復雜新生命的同時,為再生醫(yī)學的發(fā)展做出重要貢獻。

或許在不久的將來,人類可以人工合成健康的器官組織細胞,替換受損或病變組織,從而延長人類的健康壽命。這不僅體現(xiàn)了科學技術的進步,更標志著我們對生命本質理解的進一步深化。

參考文獻

[1]Gibson et al. Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Science, 2008, 319(5867): 1215-1220.

[2]Gibson et al. Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome. Science, 2010, 329(5987): 52-56.

[3]Xie et al. “Perfect” designer chromosome V and behavior of a ring derivative. Science, 2017, 355, eaaf4704

[4]Schindler et al. Design, Construction, and Functional Characterization of a tRNA Neochromosome in Yeast. Cell, 2023. DOI: 10.1016/j.cell.2023.10.015

[5]Zhao et al. Debugging and consolidating multiple synthetic chromosomes reveals combinatorial genetic interactions. Cell, 2023, 186: 5220–5236

[6]Daly et al. Designer peptide–DNA cytoskeletons regulate the function of synthetic cells. Nature Chemistry, 2024.

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標簽: 細菌 生命

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